――とある世界。
そこは、大地が6つに分断される異変により、特殊なゲートを用いなければ往来ができなくなってしまっていた。
不老不死を研究する少女『ヴィーナ』は、「命の果実」があるべき場所にたどり着けなったことにより、世界の異変にいち早く気づく。彼女は仲間たちと共に異変の調査に乗り出すが、世界を行き来できるゲートの前でひとりの少女を見つける。

？？？？？

「あれ……？　ここは、どこだろう？　僕は……誰だっけ？」

ヴィーナ

「ここは緑の世界のゲート前、あなたはここに倒れてた、見たところ宝石も無いし、スピリットじゃなさそう、それってかなり異常だわ、とても興味深い、ねぇあなた、自分についてきなさい」

記憶喪失の少女に興味をひかれたヴィーナは、彼女を連れ調査を続行することを決める。
調査は、「赤の世界」からゲートを介して世界を回ることになった。
「赤の世界」では、いるはずの無い種族が共存しているのを目の当たりにし、「紫の世界」では、蛇族の叡智により記憶喪失の少女の名前が「アレックス」だとわかるも、彼女を狙う何者かがいることも判明。逃げるために飛び込んだ「白の世界」では、アレックスが分断された世界をつなぎ合わせ、新たな大地を創造してみせた。
そして、辿り着いた「青の世界」で、世界の一部を消滅させ、大地を細切れにしているスピリットを発見した。
ヴィーナは確信する。すべてのカギはアレックスが握っていることを。
彼女の記憶を取り戻すことができれば、世界を元に戻せるに違いない。
そのうえで、この異変を起こしている連中の正体を突き止めるのだ。
導きの少女と記憶を失った創界神（グランウォーカー）。ふたりの少女が「分断された六世界（フラグメント・ヘキサ）」の核心に迫る。
今、物語は根源へと回帰する――。